Autonomie hat innerhalb der Transaktionsanalyse den höchsten Stellenwert und ist das angestrebte Ziel.

Menschen wollen reifen und wachsen, eigenverantwortliche Entscheidungen treffen und sind bereit dafür die persönliche Verantwortung zu übernehmen. In der Sprache der Transaktionsanalyse heißt dies, Menschen wollen autonom sein. Autonom zu sein bedeutet in diesem Sinne auch, selbstbestimmt und sozial verantwortlich handeln, Vertrauen in sich und andere haben zu können, angemessene und vernünftige Entscheidungen zu treffen und das eigene Potenzial zu entfalten und abzuschöpfen.